este es un topico interesante, creo que hay que tener en cuenta la funcion que va a tener el sitio, el publico al que apunta y que cosas son importantes en el layout del sitio desde el punto de vista del posicionamiento
en general encargo a un diseñador que haga el diseño del sitio (como imagenes) y luego yo hago el mockup html y css
el editor que utilizo para trabajar es un plugin de eclipse que se llama aptana, ya que no me gustan los programas tipo wyswyg (com dreamweaver) y no me gusta usar software privativo
en el caso de los templates para joomla 1.5 empiezo el trabajo de la siguiente manera
copio el codigo del template beez a una nueva carpeta, con el ombre del template que quiero poner yo
borro las hojas css y las imagenes,
copio las imagenes que voy a usar en el template para armar el layout de acuerdo al diseño
modifico el archivo xml para que refleje los cambios en archivos y demas, aunque lo unico realmente importante es que se modifique el nombre del template para que sea igual al de la carpeta
luego borro todo el html del index.php (del template) y escribo el mio
generalmente algunos divs con el código de las zonas que quiero mostrar y poco mas
luego cargo una hoja de estilo que se llama reset.css (la tome de las YUI, pero no es exactamente la original, la retoque a mi gusto)
creo otra hoja de estilos que aplique el diseó como tal (el markup html NO deberia tener aspectos relacionado con el layout de pantalla, pero a veces no puede evitarse) , luego de un rato de retocar css y probar en cuanto browser pueda (por lo general, firefox3 , firefox2 , ie6 , ie7, safari, opera y alguno otro de la familia gecko) queda casi listo el teplate
por lo general hace falta hacer algunos retoques en los archivos de la carpeta html que está dentro del template
saludos
Esteban