Você pode fazer isso diretamente do arquivo index.php de algum template padrão do joomla.
1 - Copie seu css e os outros arquivos para alguma pasta dentro do template Joomla.
2 - Crie um backup do index.php.
3 - Dentro do arquivo index.php (do template do Joomla), insira um comando que faça o carregamento do css (Do template do Photoshop).
4 - Agora abra o index.php (O original) no Dreamweaver, ou em algum programa parecido, e comece a estudar a estrutura do arquivo, observe que há vários divs, muitos deles são posições de módulos. O que você tem de fazer é ir pegando as divs do seu template que foi feito no photoshop (Creio que você tenha exportado o template em html) e ir colocando nos lugares certos, é meio complicado explicar isso, por exemplo, você pega o div <div id="menu-esquerdo" e o coloca antes de "<div id=mod_left1 class=class1>", é apenas um exemplo, não se esqueça de que você poderá por acabar a carregar dois (ou mais) arquivos css (O seu e o (s) do template do Joomla), então cuidado para um não dar conflito com o outro.
Essa foi a forma mais básica que eu achei de fazer e explicar isso.
Se você tiver conhecimentos de bibliotecas de java script, você poderá utilizá-las também.
Grande abraço e sucesso
PS: Já ia me esquecendo, algumas divs do template joomla já vem com a class definida no arquivo css, tome cuidado com isso.
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