Hola NEIT, bienvenido al foro.
Joomla almacena las imágenes en la carpeta /images. Ahí puedes crear tantas subcarpetas como quieras, de modo que no tendrás mucho problema para organizarlas. Joomla trae de serie un gestor multimedia que te ayudará a organizarlo todo desde al backend. También puedes usar otros más sofisticados, como el que trae el editor JCE.
En cuanto a los artículos, en Joomla 2.5.1 puedes anidar categorías en tantos niveles como quieras. Los artículos los podrás gestionar desde el gestor de artículos (lógico :P), y físicamente se almacenan en la base de datos. El gestor de artículos te permite filtrar la lista usando distintos parámetros, como nombre de la categoría, estado (publicado o no) y varios otros.
Básicamente la recomendación para ordenarlos es que uses el sentido común, y que no tengas miedo de crear tantas categorías como quieras. Puedes mover los artículos de una categoría a otra con un par de clics, por lo que no te preocupes por crear una estructura que pueda no gustarte, porque puedes cambiarla cuando quieras sin afectar al contenido.
Espero haberte aclarado alguna de tus dudas. En caso contrario, no dudes en preguntar más
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Un saludo.
